A temporada se inicia como uma continuação direta da anterior, a água do rio Sanzu começa aparecer na cidade e sofre mudanças como a cor da água é vermelha e perigosa, pois qualquer coisa que a água toca pode ser destruído. Além disso, a água do rio deixa os monstros mais poderosos e descontrolados. Antonio (Ranger Dourado) descobriu uma caixa onde estava preso o poder Super Samurai, e o segredo de Jayden chegando cada vez mais perto da revelação. A caixa negra finalmente é liberada, permitindo que os rangers usem o super poder. Eles invocam o modo Super Mega cujo chamados de Shogun durante os últimos ataques à cada batalha. Deker sobrevive da sua derrota na última batalha e faz pacto com Serrator, novo inimigo da equipe Samurai. Mestre Xandred retorna com suas novas formas de força, mas que no fim da série, finalmente é derrotado pelos heróis que se destinaram cada um.