No anos de 1614, no auge do Japão Feudal, para resolver a disputa pela sucessão do Xogunato, Ieyasu Tokugawa quebra um acordo de paz feito entre os clãs rivais de Tsubagakure Iga e de Manjidani Kouga, que era mantido há muitos anos, apesar de ainda haver ódio entre os clãs. A quebra do acordo inicia um grande derramamento de sangue entre os dois lados, que decidem resolver com base na força os anos de ódio reprimido. A guerra ninja começa no momento em que estava para acontecer um casamento entre os futuros jovens líderes dos dois lados (Gennosuke de Kouga e Oboro de Iga) o qual firmaria a paz entre os clãs. Por esse motivo os dois enamorados são tragados por traições, armadilhas, dilemas, ódios seculares e amores reprimidos; a dualidade entre cumprir o dever para com o clã ou ignorar a guerra para viver o amor. A história é repleta de batalhas entre os dez ninjas de cada lado, cada um com uma técnica ninja sobre-humana. バジリスク甲賀忍法帖