Daqui a 400 anos no futuro, uma doença dizimou grande parte da população da Terra. A cidade de Bregna é povoada por sobreviventes e também por cientistas, que comandam o local. Lá também existe um grupo de rebeldes liderado por Handler (Frances McDormand) e que conta com a participação da justiceira Aeon Flux (Charlize Theron), que é enviada a uma missão em meio aos cientistas. É quando ela descobre os segredos guardados da atual realidade do planeta.

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